大家对小达君上周介绍的Denovo FCS Express6的入门篇(上)是否还有印象?今天,小达君给大家介绍软件的入门知识中篇,请结合入门篇上篇学习哟。
在入门篇上篇中,我们分享了软件的版面知识,数据的添加,圈门,座标轴标签的改动等功能,那么本期将给将给大家介绍补偿的调节及应用,包括手动调补偿及自动调补偿,实验数据的统计及一些实用的小技巧。
1. 手动脱机调补偿及自动调补偿
A. 手动调补偿(一般在仅有样本管或者自动调补偿后微调时使用)
打开软件,插入一个数据(示例中为彩点图),当插入一个图形后,如需更换数据的显示方式,如想将彩点图更换为其它图形(如密度图等),可选中该图形,直接按照下述步骤更改。
圈中目的细胞群,拖至空白处形成一个新的图形,并根据需要改动横纵坐标轴的参数。本示例中以FITC和PE为例,调节此两通道之间的补偿。下图所示,补偿未经过调节,FITC与PE之间有补偿。
此时可以手动调节两通道之间的补偿,该数据为FITC单管,可用PE-FITC调节FITC渗漏到PE通道去的荧光。步骤如下图所示:
出现补偿编辑栏,从PE通道中去除FITC的荧光信号,使PE通道的Mean/Median值与阴性细胞群一致。
点击OK,则FITC渗漏到PE通道的荧光被扣除。
B. 自动调补偿(需要阴性管及各单阳管)
打开软件,按照下述步骤操作。
建立直方图后,在原本的版面Page 1后面出现Scatter Plot及其它各个单管的Control界面。
接着,在Scatter Plot版面中,将门的位置移至正确的细胞群所在的位置,如下图所示。
如所示的方形门不能正确的圈出细胞群,可按以下步骤将该门改变为自由形门等。
圈好门之后,选中单管Control版面,按照阴性细胞与阳性细胞的位置调整Marker门的位置。
依次调整好各单管Control的Marker门的位置。此处不一一列举。回到补偿界面。此处的3、4适用于使用补偿beads调节补偿的情况(由于本次数据为细胞,此处不详细列出,如对此步骤感兴趣,可咨询小达君)
则自动调补偿就完成了。补偿矩阵及溢出矩阵就出现在补偿栏中。
此时,可点击保存将此补偿下来,以便下次使用。回到Page 1,当添加一个未经过补偿调节的数据时,将该补偿拖过去,则该补偿矩阵就被应用到数据中。
或者通过右键-Format-Overlay-Compension将补偿应用到该数据中。如下图所示:
2. 实验数据的统计
选择右键-Statistics,可添加门数据及十字门象限数据。
本期就先介绍到这里,大家是不是对Denovo软件有了更进一步的认识?我们会陆续推出Denovo软件的功能介绍及流式数据分析的技巧,感兴趣的同学可以下载试用哦。
往期精彩回顾
Denovo FCS Express6使用指南-流式数据分析入门篇(上);