【染色质免疫共沉淀】ChIP 抗体如何选择？

随着时间的推移，表观遗传学的研究工具已经从PCR到qPCR，并演变出在全基因组范围内进行研究和分析的染色质免疫沉淀技术，也就是目前火热的ChIP技术。

染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。

将CHIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

ChIP抗体的选择在实验中是最重要的一个环节，它影响着ChIP实验的成败与否。那么ChIP-seq抗体需要如何选择呢？

无论是单克隆还是多克隆抗体都可用于ChIP实验。单克隆抗体识别靶蛋白上的单一表位，它们具有很高的特异性结合，低非特异性结合和低背景信号等特点。其次，由于克隆性质的低变异性，单克隆抗体具有更高的批次间稳定性。

但是，如果存在其它与染色质结合的蛋白，可能导致单克隆识别的表位不可接近；或由于需要识别的表位在交联过程中被掩蔽，单克隆抗体不能有效地与蛋白结合。幸运的是掩蔽的情况并不常见，因此，单克隆抗体不仅适用于ChIP实验，而且通常具有较好的实验结果。

与单克隆抗体相比，多克隆抗体能识别靶蛋白上的多个表位，即使存在少数表位掩蔽的情况，也不会影响抗体有效地检测到靶标，实验成功率更高。也正是由于多克隆抗体可以识别多个表位，从而会增加抗体发生非特异性结合的概率。

ChIP级别的抗体对抗体纯度、特异性结合的要求都比较高，是完成ChIP实验的首选抗体。如果没有找到目的基因的ChIP-seq级别的抗体，通过ChIP和IP验证的抗体也可以使用，但是尽量不要使用没有标注ChIP应用的抗体，或者标注未检测的抗体，否则通常是浪费时间。

为了节省筛选候选抗体的时间，我们可以考虑抗体来自其他免疫实验检测的数据，它们作为抗体在ChIP中工作良好的可能性的指标。蛋白印迹和免疫沉淀测定可以验证抗体是否能识别正确的靶标；免疫荧光分析可以确定抗体是否识别其天然状态的靶标，这些数据对于检测抗体是否适合ChIP实验非常重要。

经过免疫沉淀、免疫荧光或免疫组织化学中验证的抗体，比仅通过Western blot验证的抗体更有可能产生阳性的ChIP实验结果。当然，这些应用中的性能并不能保证ChIP的成功，因为成功的ChIP抗体必须识别可接近的抗原表位，这些表位不应该受ChIP交联方法的影响。

因此，想知道一支抗体的ChIP数据是否可用，可考虑如下相关问题：

• 得到该数据使用的抗体是否与你购买的产品相同？
• 有没有人使用这种抗体进行ChIP实验？
• 有没有已知的用于验证阴性IgG对照和阳性对照引物组？

选择ChIP抗体和进行ChIP实验之前，对抗体的特异性评估很重要。尤其是组蛋白相关抗体的选择更是如此。

同时，很多期刊杂志也逐渐将组蛋白抗体特异性表现作为文章发表的条件，因此，进行抗体筛选测定以检测抗体质量和结合能力是非常重要的。

ChIP抗体选择的关键是：

• 单克隆抗体和多克隆抗体都可以应用于ChIP实验；
• 理想的ChIP抗体是经过ChIP验证；
• 通过免疫实验（IP/IHC）验证的抗体比Western Blot验证的抗体更适合用于ChIP实验；
• 进行独立的特异性筛选。

Premium抗体通过了最严格的QC测试 （包括生物信息学，并与Broad Institute的Encode参考数据集进行了比较）。Diagenode的合作伙伴认为，这些抗体可能是最好的，具有最高性能的抗体，它们很可能会成为下一个国际标准。

Diagenode的研发工作符合国际人类表观基因组协会（IHEC）的总体目标。IHEC联合会给出的建议指南在任何表观基因组项目中绘制以下6个组蛋白修饰图：H3K4me3，H3K9me3，H3K27me3，H3K27ac，H3K4me1和H3K36me3。H3K4me3和H3K9Ac这两种组蛋白修饰通常富集在激活的启动子区域上；H3K4me1和H3K27Ac这两种组蛋白修饰通常富集在基因的增强子区域；H3K36me3和 H3K79me2这两种组蛋白修饰通常富集在RNA聚合酶延伸区域 ；H3K27me3和H3K9me3这两种组蛋白修饰用于抑制基因表达。

鉴于对高品质抗体的要求，ChIP-seq级抗体需要建立最严格的QC程序。Diagenode的Premium抗体已通过众多合作和IHEC表观遗传学专家社区开展的广泛工作达到了最高验证水平。现有抗体均经过ChIP-seq验证，对于几乎所有表观遗传应用均显示出卓越的性能。

Diagenode厂家对ChIP-seq级别抗体进行严格验证，并遵循IHEC给出的建议指南对ChIP抗体进行检测，为您提供可以信任的抗体，如图。

Diagenode，将生产最高质量标准的CHIP抗体作为公司经营理念的一部分，并努力不断改进抗体的质控流程，使用高度标准化的ChIP-seq抗体检测流程，对Diagenode Premium抗体进行全面的验证。